L'any 2006, i fruit de la col·laboració entre l'Autoritat Portuària i l'Agència de Residus de Catalunya, es va aprovar la Guia per a prevenció de la contaminació del sòl de les activitats potencialment contaminants del Port de Barcelona. La guia és una eina que estableix les pautes bàsiques que han de seguir les activitats portuàries per prevenir i reduir el risc de contaminació del sòl i de les aigües subterrànies en l'àmbit del domini públic portuari.

Les actuacions de millora i neteja de sòls contaminats al recinte portuari poden ser liderades per l'Autoritat Portuària un cop finalitzat el període de concessió d'ocupació de sòl portuari per part d'una activitat, o bé actuacions empreses per les terminals i concessions durant el període concessionat.