La gestión del Sistema de Calidad del Port de Barcelona obtuvo, durante el mes de mayo del 2000, el certificado de renovación ISO 9001:2000, emitido por el Centro de Certificación LGAI, como reconocimiento del cumplimiento del Sistema de Calidad con los requisitos de la norma ISO.

El alcance de la certificación es la "Gestión del Sistema de Calidad del Port de Barcelona", que contempla procesos propios de la Autoridad Portuaria de Barcelona y procesos de prestación del servicio de la Comunidad Logística, siendo el Port de Barcelona el primer puerto a escala mundial en obtener esta certificación.

El departamento ha continuado realizando los seguimientos y renovaciones de la certificación, y el 11 de diciembre de 2009 alcanzó la Certificación conforme a los requisitos de la nueva norma ISO 9001:2008.