La gestió del Sistema de Qualitat del Port de Barcelona va obtenir, durant el mes de maig del 2000, el certificat de renovació ISO 9001:2000, emès pel Centre de Certificació LGAI, com a reconeixement del compliment del Sistema de Qualitat amb els requisits de la norma ISO.

L’àmbit de la certificació és la "Gestió del Sistema de Qualitat del Port de Barcelona", que preveu processos propis de l’Autoritat Portuària de Barcelona i processos de prestació del servei de la Comunitat Portuària. El Port de Barcelona és el primer Port a escala mundial que obté aquesta certificació.

El departament ha continuat realitzant els seguiments i renovacions de la certificació, i l'11 de desembre de 2009 va assolir la certificació d'acord amb els requisits de la nova norma ISO 9001:2008.