El Sistema de Qualitat pretén ser una combinació d’esforços i de voluntats que han apostat per l'oferta d'uns serveis portuaris millors, perquè així ho exigeixen el client del Port i la immersió en un entorn cada vegada més competitiu.

El Departament de Sistemes de Qualitat es va crear, a l’inici del Pla de Qualitat el 1993, sota l'estructura organitzativa de l'Autoritat Portuària de Barcelona. La seva missió és gestionar el Sistema de Qualitat del Port de Barcelona, a través de la coordinació amb els operadors de la Comunitat Logística, per aconseguir millorar la prestació de servei en conjunt, posant èmfasi especial en l’orientació del Port de Barcelona cap al client, per aconseguir-ne la satisfacció.

Amb motiu de la nova estructura organitzativa que està duent a terme l'Autoritat Portuària de Barcelona, el departament de Sistemes de Qualitat, passa a formar part de l'Àrea d'Explotació i Planificació Portuària amb la denominació de departament d'Operacions de Mercaderies i Qualitat.

Actualment s'està treballant en un nou Pla de Qualitat que millora substancialment els compromisos establerts des de 1993, amb l'objectiu de donar resposta a les noves necessitats del mercat i el client final.